Als Evangelische Emmausgemeinde sind wir im großen Haus der Ökumene unterwegs. Besonders intensiv sind wir mit unserer Katholischen Schwestergemeinde deutscher Sprache verbunden. Die Sankt Elisabethgemeinde ist ebenfalls an der Deutschen Botschaft beheimatet, wir feiern etliche Male im Jahr zusammen Gottesdienst. Einmal im Jahr richten wir gemeinsam einen großen Kinderbibeltag an der Deutschen Schule Moskau aus und suchen auch sonst die Kooperation. Außerdem gibt es einmal im Quartal den ökumenischen Gesprächskreis.
Im evangelischen Umfeld pflegen wir gute Kontakte zur Evangelisch-Lutherischen Peter- und Paulgemeinde. Übergemeindlich halten wir die Verbindung zur Evangelisch Lutherischen Kirche in Russland (ELKER) und anderen Staaten (ELKRAS).
Außerdem bestehen Kontakte zur orthodoxen Cosmas- und Damian Gemeinde an der Twerskajastraße sowie zum interkonfessionellen Bibelübersetzungsinstitut.